Secara geografis, wilayah kerja Puskesmas Waihoka berada di Kecamatan Sirimau, Kota Ambon. Di bagian Utara berbatasan dengan Desa Soya, bagian Selatan dengan Kelurahan Amantelu, bagian Barat dengan Kelurahan Karang Panjang dan bagian Timur dengan Desa Batu Merah.

Puskesmas Waihoka terbagi atas Kelurahan Waihoka dan Dusun Ahuru (RT/RW : 001/16, 002/16, 003/16, 005/16, 006/16, 008/17, 012/17) yang termasuk dalam wilayah Desa Batu Merah, luas wilayah Puskesmas Waihoka seluruhnya 0,95 Km2.